北京大学深圳医院目前集团化运营管理北大、新华、深汕三院区，开启多院区集团化发展新格局。医院集团秉持“一体化管理、同品质医疗、特色化布局、数字化赋能”理念，致力打造国内一流现代化医院集团，守护深圳及粤港澳大湾区居民健康。
北大深圳医院纳入北大附属医院管理体系，开创国内院校紧密合作办医先河。依托北大医学全方位赋能，医院连续六年跻身全国三级公立医院绩效考核A+百强，是广东省高水平医院、医学人才集聚高地，骨科（运动医学）为国家临床重点专科，学科实力稳居华南第一梯队。
北京大学深圳医院运动医学与康复医学中心（深圳市体育医院）为国家临床重点专科，秉承“运动损伤、运动康复、运动处方、体卫融合、科研转化、运动科普”六位一体的大运动医学发展理念，成为国内运动医学全面发展的先行示范学科，是深圳唯一、全国综合医院唯一的国家体育科普基地，民政部康复辅助器具重点实验室、深圳市运动医学与康复医学概念验证中心、深圳市运动医学质量控制中心。中心以 “手术康复一体化” 为特色，构建国内领先的运动损伤 “预防 — 保守治疗 — 微创手术 — 术后早期康复 — 重返运动” 一站式全周期服务体系；作为深圳市专业运动员医疗保障基地，依托深圳市体育医院建设，先后为米兰冬奥会、北京冬奥会国家队、奥运冠军、昆仑鸿星女冰等提供高水平医疗保障，赛事保障经验丰富、行业影响力突出。
