本文通过ChatGLM/GPT进行辅助对近期Bio-protocol 期刊发表的方案进行解读和概括，若感兴趣请点击“阅读原文”查看详细的实验流程及试材。如果解读中有任何错误或遗漏，敬请指正。
在基因组分型和育种研究中，许多实验室长期依赖各类简化基因组测序方法，但其建库流程通常步骤繁多、操作琐碎，尤其在样本量较大时，文库准备往往成为整个实验中最耗时的环节。尽管这些方法在早期研究中奠定了重要基础，但由于需要多轮酶切、片段筛选和加接操作，其在高通量场景中的适用性始终受到限制。在这方面，2026年1月20日，Bio-protocol 期刊在线发表了广州仲恺农业工程学院（Zhongkai University of Agriculture and Engineering）常玉晓团队题为“Inverse Restriction Site-Associated DNA Sequencing (iRAD-seq)”的方法文章。
https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5599关键词：简化基因组测序 限制性位点关联DNA测序 Tn5 iRAD-seq RAD-seq简化基因组测序（Reduced representation sequencing）是一类通过截取基因组中具有代表性的片段来代替全基因组测序的技术。其基本思路是利用酶切、片段筛选或其他方式，仅保留基因组中约 1%–10% 的特定区域进行测序分析，从而在大幅降低成本和数据量的同时，仍能获取足以支持群体遗传、育种和进化研究的全基因组标记信息。由于操作相对简单、对参考基因组依赖较低，这类方法在多种物种的基因分型与遗传分析中得到广泛应用。近年来，SNP 的高效发现与基因分型在作物育种研究中愈发重要，但全基因组测序成本高、数据冗余大，限制了大规模应用。为此，降低基因组复杂度的简化基因组测序（RRS）技术得到广泛应用，其中以 RAD-seq 为代表的系列方法通过限制酶切割并捕获邻近片段，实现了对基因组特定区域的高效采样。然而，传统 RAD-seq 及其衍生技术仍依赖多步酶切、片段筛选与加接操作，流程复杂、手工操作量大，且在大样本处理中易出现片段回收偏差，影响重复性。随着 Tn5 转座酶建库技术的发展，基于一步片段化与接头连接的简化流程为 RRS 方法的优化提供了新的可能，也促使研究者探索更高通量、更易操作的基因分型策略。
利用 Tn5 实现同时片段化与加接，简化文库构建步骤，降低对仪器与操作经验的依赖。
将大量样本在建库后合并后，再进行同批次酶切和后续处理，提高通量并减少批间差异。
避免传统 ddRAD/ezRAD 在单样本片段筛选环节产生的样本差异，提高标记获取的一致性和重复性。
—————文中代表性图—————
图2. 反向限制位点测序（iRAD-seq）流程示意图这个方法的可重复性已经被本文作者广州仲恺农业工程学院（Zhongkai University of Agriculture and Engineering）常玉晓团队验证过，相关实验数据与结果发表在BMC Biology,DOI:10.1186/s12915-025-02330-8。💡温馨提示：积极引用本文，既是对作者创新技术和科研共享精神的最好支持，也能激励更多同行分享可靠的实验方案。
Chen, P., Zhou, S., Wang, H., Gu, J., Li, Y. and Chang, Y. (2026). Inverse Restriction Site-Associated DNA Sequencing (iRAD-seq). Bio-protocol16(2): e5599. DOI: 10.21769/BioProtoc.5599.
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Bio-protocol 于2011年在斯坦福大学创建，旨在提高科研的可重复性，以助力科学发现。它与 eLife、Science/AAAS等国际知名出版机构合作，致力于提升实验方案的透明度和共享。Bio-protocol是 Bio-protocol 旗下一份同行评审的国际学术期刊，专注于发表高质量的生命科学实验方案。至今，已发表来自全球两万多名科研工作者的5000余篇文章。该期刊已被PubMed Central、Web of Science 等国际权威数据库收录,是全球为数不多的拥有影响因子的生物学实验方案期刊之一。Bio-101 是Bio-protocol旗下一个中文生命科学实验方案的共享平台，通过与上百个国内优秀科研团队的合作，已出版了多本同行评审、免费获取的中文实验方案电子书。
